Plusieurs milliers d'années après qu'une étrange lumière a pétrifié l'humanité, le lycéen extrêmement intelligent Senku s'éveille dans un monde où la civilisation s'est effondrée. Bien décidé à reconstruire la société grâce à la science, avec l'aide de son ami Taiju. Ensemble, ils entament une épopée incroyable pour redécouvrir des siècles de savoir, de l'Âge de pierre à l'ère moderne.