Dix ans après les événements sanglants de la « Guerre du Saint-Graal », la ville de Fuyuki devient le théâtre de massacres inexpliqués. Afin de protéger Sakura et d’endiguer ce phénomène, Shirô Emiya fait appel à Saber, une légendaire Servant, pour participer à ce conflit. Néanmoins, l’apparition de forces obscures pourrait bien compromettre leurs chances de victoire.