La NERV accueille le mystérieux Kaworu Nagisa, présenté comme un nouveau pilote. D’une tranquillité désarmante, il se rapproche immédiatement de Shinji. Mais lorsque l’ultime Ange apparaît, l’adolescent découvre que ce nouvel allié est lié à une destinée qui entre en conflit direct avec l’avenir de l’humanité…