Muni des trois cartes divines, Alter-Yûgi se rend au musée Domino pour enfin avoir accès à ses souvenirs perdus. Bientôt rejoint par Anzu, Jônouchi et Honda, il présente les cartes au bas-relief, mais une mystérieuse force intervient et gèle l’œuvre d’art. Dans la foulée, une multitude de monstres issus de « Duel Monsters » apparaissent soudainement dans les rues de la ville…